La diferencia entre MOV y MP4 es sutil. El formato MOV fue creado específicamente por Apple como un archivo para su uso con QuickTime, pero luego se popularizó entre otros muchos dispositivos. Los archivos MP4 se crearon para ser un estándar internacional, por lo que este tipo de archivo está aún más extendido que el MOV.
Una diferencia es que los archivos de vídeo MP4 tienden a comprimirse para reducir su tamaño. Esto, combinado con el hecho de que están más estandarizados y son reconocidos por un número ligeramente mayor de soluciones de software y hardware, hace que este formato de archivo se utilice para streaming, entre otros usos estandarizados.
Los archivos MOV se crearon pensando en la edición de vídeo. Normalmente son archivos bastante grandes, por lo que, a efectos de almacenamiento, pueden no ser tan buenos como los MP4. La compresión del MP4 mantiene una gran cantidad de datos dentro del vídeo.
Para los usuarios de Mac, el formato MOV pueden ser tan sencillo de usar como el MP4, pero el hecho de que el MP4 tenga mejor compresión y esté estandarizado en todas las plataformas permite que sea la opción preferida para muchos usos en la industria. Ambos son formatos de archivo con pérdida, por lo que es usual que haya compresión involucrada en cualquiera de los archivos que elijas. Los archivos MOV pueden tener menos compresión y, por tanto, ser mejores para mantener la alta calidad del vídeo durante el proceso de edición.